بایگانی اسناد  
با گذشت زمان و افزایش تعداد و حجم مستندات در سازمان، نیاز به ابزاری جهت آرشیو و بایگانی آن‌ها وجوددارد. بسیاری از سیستم‌های اتوماسیون اداری بخشی را نیز به عنوان آرشیو الکترونیک و مدیریت مستندات دارند که علاوه بر نگهداری و دسته بندی اسناد سازمانی، امکان جستجو و دستیابی سریع و آسان را نیز فراهم می‌کنند.

دبیرخانه
اصلی ترین بخش یک سیستم اتوماسیون اداری بخش مربوط به عملیات دبیرخانه شامل فرایندهای ثبت نامه، ارجاع، کارتابل پرسنل و بایگانی است. دراین بخش عملیات‌های مختلفی از جمله اسکن، ورود اطلاعات، ثبت اندیکاتور، توزیع و پیگیری چرخه نامه‌های دریافتی تا تهیه پیش‌نویس، گردش، امضا و ثبت و چاپ نامه‌های ارسالی انجام می‌شود.